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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显示信息出丰富的生态学特异性，收录抗肿癌和抗虫毒功用。经常，三萜是用甲羟戊酸路径生成的，并从自然绿植的和真菌孢子中提炼。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊发了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的实验分析小论文。该实验分析出现三萜类有机化合物野生虫草酸（GA）是顺利通过液體培养计划的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物被转化形成的。采用转录组和蛋清质组学方法进那步研究无柄虫草粉菌丝体中DHT形成两大类虫草粉酸（GA）的制度，并给出多个学方法检测工具到的对比分析什么是基因和对比分析蛋清，猜测DHT 怪物合出 GA 的方式。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能表定义

可以通过对无柄灵芝粉病菌菌丝体完成转录组测序共受到67230个转录本和14296个单遗传基因组遗传。在这类单遗传基因组遗传中，498个被判定为差距理解遗传基因组遗传（DEGs），当中213个理解上浮，279个理解变动（图1A）。GO海洋生物含有研究后，DEGs分类海洋生物期间（BP）、肿瘤组织细胞组成（CC）和团伙功能模块（MF）3类。在BP品类中，产生了前三种子品类：抗菌药葡萄糖腐蚀分解消化吸收期间，醋酸钠盐分解消化吸收期间和甲酸盐分解消化吸收期间;而在CC品类中，肿瘤组织细胞外区、突触塑料体、突触成分是前三种亚类。谈谈MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性、腐蚀复原酶亲水性和酸氨（或酰胺）相连酶亲水性是前三种亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究中，前30条海洋生物含有度比较高的通道含有27条应归分解消化吸收，当中甲烷气体分解消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐分解消化吸收、丙酸盐分解消化吸收警报通道相关系数海洋生物含有（图1D）。

图1|转录混合物析和效果划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

使用对无柄野生灵芝病菌菌丝体实现核脂肪酸组学讲解，共设确认了16,457种显著肽、2606种核脂肪酸和2588种定量定量定量深入分享核脂肪酸。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的筛分经济条件下，我在这2606种核脂肪酸中，94种被技术鉴定为性别差异性表达出出核膳食纤维（DEPs），表中52种上涨，42种下跌（图2A），图2C体现了性别差异性表达出出核膳食纤维的聚类定量定量深入分享讲解热图。从GO讲解方面看，BP品类体现，太大部分DEPs参与活动醋酸钠盐消化吸收的环节、抗菌药细化消化吸收的环节和抗癫痫药物细化消化吸收的环节。CC类DEPs在体体神经细胞核外区、过腐蚀的物酶体和微体中总额最大，腐蚀的重现酶活力酶和甲酸脱氢酶（NAD）活力酶在MF类中DEPs的百分比最大（图2B）。与转录组导致相像，KEGG通道讲解体现，一些DEPs在消化吸收中丰度，表中3条最丰度的方式是光合菌物体中的碳固定的、碳消化吸收和MAPK数据信息通道（图2D）。然而，使用讲解GO数据信息库的CC对DEPs实现亚体体神经细胞核品牌定位讲解和注音（图2E），DEPs其常见布局在体体神经细胞核质（40.66%）、体体神经细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs菌物体提炼的其常见位子。

图2|蛋白酶质组的一定量阐述和功能性验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物应用和比组备选DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个差别体现什么是染色体（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组现有的DEGs/DEPs来聚类了解法了解，会发现mRNA和淀粉酶质之中有13个上涨什么是染色体和3个调低什么是染色体，DEGs和其英译的DEPs体现平行呈正涉及，应用场景Pearson的涉及标准值了解，在转录组和淀粉酶质组之中论文检测到相对的较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具报告单界面显示，E组和C组14个DEGs的展现层次地域差异有明显，之中9个为调涨DEGs，俩个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现大趋势与转录类物质析报告单一样。

图3|淀粉酶质组的定量浅析浅析和模块查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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